Набор для прямого секвенирования РНК, Direct RNA Sequencing Kit
Цена 69 944 руб. за 1 шт
Количество- Полное описание
- изучать модифицированные нуклеотиды и другие характеристики нативной РНК,
- секвенировать молекулы РНК, которые плохо подвергаются обратной транскрипции.
Особенности набора
| время пробоподготовки | от 115 минут |
| требуемое количество ДНК | 500 нг поли-А+ РНК |
| необходимость ПЦР | нет |
| обратная транскрипция | опциональная |
| длина рида | зависит от длины исходных фрагментов |
| производительность | до 1 гигабазы за 6 часов, 1-4 гигабазы за 48 часов |
| совместимые протоколы | Direct RNA Sequencing, |
| мультиплексирование | на стадии разработки |
| количество библиотек | 6 |
| совместимость с проточными ячейками | FLO-MIN106D, FLO-MIN107 |
* Полные протоколы доступны на сайте www.nanoporetech.com для зарегистрированных пользователей-участников Nanopore Community.
Набор предназначен для работы с молекулами РНК, обладающими 3’-концевыми полиА –структурами — эукариотическими мРНК, полиаденилированными вирусными РНК или РНК, обработанными наборами для полиаденилирования. Для РНК без полиА-концов можно синтезировать пользовательские адаптеры, комплементарные 3’-концам (например, для тРНК или 16S-РНК).
В отличие от протоколов секвенирования кДНК, в случае использования набора Direct RNA Sequencing Kit происходит секвенирование нативных молекул РНК, только они проходят через поры проточной ячейки.
Стадия обратной транскрипции при пробоподготовке опциональна, но настоятельно рекомендуется — это повышает производительность секвенирования.
Набор Direct RNA Sequencing Kit незаменим в случае анализа модифицированных нуклеотидов. Если задача выявления таких нуклеотидов не ставится, рекомендуются наборы для секвенирования кДНК, так как они обеспечивают более высокую производительность.
Дополнительные расходные материалы и реактивы:
- магнитные частицы Agencourt RNAClean XP (Beckman Coulter),
- обратная транскриптаза SuperScript III (Thermo Fisher Scientific, 18080044),
- ДНК-лигаза T4 в концентрации 2000 ед/мкл (New England Biolabs М0202),
- лигазный буфер NEBNext Quick Ligation Reaction Buffer (New England Biolabs B6058),
- 10 мМ раствор dNTP (Thermo Fisher Scientific R0192),
- 1,5 мл пробирки типа Эппендорф с низкой адгезивностью DNA LoBind (Eppendorf 0030108051),
- 0,2 мл тонкостенные пробирки для ПЦР (Axygen PCR-02-C),
- вода, не содержащая нуклеаз (Thermo Fisher Scientific R0581),
- свежеприготовленный 70% этанол.
- настольная микроцентрифуга (например, Eppendorf 5452000018),
- вортекс (например, Biosan BS-010203-AAG),
- магнитный штатив (Диаэм 3336),
- ротационный перемешиватель (например, Elmi RM1L),
- амплификатор (например, Thermo Fisher Scientific A37834),
- набор автоматических пипеток переменного объёма — от 0,5 до 10 мкл (например, Eppendorf 3120000020), от 2 до 20 мкл (например, Eppendorf 3120000038), от 10 до 100 мкл (например, Eppendorf 3120000046), от 20 до 200 мкл (например, Eppendorf 3120000054) и от 100 до 1000 мкл (например, Eppendorf 3120000062),
- наконечники с фильтром к автоматическим пипеткам,
- термоконтейнер со льдом,
- таймер (например, TR118OS),
- флуориметр Qubit 4.0 (Thermo Q33227).
Опционально:
- система для фрагментного анализа (например, Qsep 100),
- наноспектрофотометр (например, NanoDrop 2000C).
Набор предназначен для работы с молекулами РНК, обладающими 3’-концевыми полиА –структурами — эукариотическими мРНК, полиаденилированными вирусными РНК или РНК, обработанными наборами для полиаденилирования. Для РНК без полиА-концов можно синтезировать пользовательские адаптеры, комплементарные 3’-концам (например, для тРНК или 16S-РНК).
В отличие от протоколов секвенирования кДНК, в случае использования набора Direct RNA Sequencing Kit происходит секвенирование нативных молекул РНК, только они проходят через поры проточной ячейки.
Стадия обратной транскрипции при пробоподготовке опциональна, но настоятельно рекомендуется — это повышает производительность секвенирования.
Набор Direct RNA Sequencing Kit незаменим в случае анализа модифицированных нуклеотидов. Если задача выявления таких нуклеотидов не ставится, рекомендуются наборы для секвенирования кДНК, так как они обеспечивают более высокую производительность.
Дополнительные расходные материалы и реактивы:
- магнитные частицы Agencourt RNAClean XP (Beckman Coulter),
- обратная транскриптаза SuperScript III (Thermo Fisher Scientific, 18080044),
- ДНК-лигаза T4 в концентрации 2000 ед/мкл (New England Biolabs М0202),
- лигазный буфер NEBNext Quick Ligation Reaction Buffer (New England Biolabs B6058),
- 10 мМ раствор dNTP (Thermo Fisher Scientific R0192),
- 1,5 мл пробирки типа Эппендорф с низкой адгезивностью DNA LoBind (Eppendorf 0030108051),
- 0,2 мл тонкостенные пробирки для ПЦР (Axygen PCR-02-C),
- вода, не содержащая нуклеаз (Thermo Fisher Scientific R0581),
- свежеприготовленный 70% этанол.
- настольная микроцентрифуга (например, Eppendorf 5452000018),
- вортекс (например, Biosan BS-010203-AAG),
- магнитный штатив (Диаэм 3336),
- ротационный перемешиватель (например, Elmi RM1L),
- амплификатор (например, Thermo Fisher Scientific A37834),
- набор автоматических пипеток переменного объёма — от 0,5 до 10 мкл (например, Eppendorf 3120000020), от 2 до 20 мкл (например, Eppendorf 3120000038), от 10 до 100 мкл (например, Eppendorf 3120000046), от 20 до 200 мкл (например, Eppendorf 3120000054) и от 100 до 1000 мкл (например, Eppendorf 3120000062),
- наконечники с фильтром к автоматическим пипеткам,
- термоконтейнер со льдом,
- таймер (например, TR118OS),
- флуориметр Qubit 4.0 (Thermo Q33227).
Опционально:
- система для фрагментного анализа (например, Qsep 100),
- наноспектрофотометр (например, NanoDrop 2000C).