Набор для мультиплексного секвенирования ДНК с баркодированием образцов методом ПЦР, PCR Barcoding Kit
Цена 80 749 руб. за 1 шт
Количество- Полное описание
Набор PCR Barcoding Kit удобен в тех случаях, когда:
- возможно объединение до 12 образцов в общую библиотеку с целью снижения стоимости запуска секвенатора,
- исходное количество ДНК невелико,
- предполагается оптимизировать эксперимент с целью макисмального выхода,
- требуется контроль длины рида,
- секвенируется кДНК или специфические ампликоны.
Особенности набора:
| время пробоподготовки | от 60 минут (без учёта стадии ПЦР) |
| требуемое количество ДНК | менее 100 нг двухцепочечной ДНК |
| необходимость ПЦР | да |
| фрагментация ДНК | опциональная |
| длина рида | равна длине ампликонов |
| производительность | 2 гигабазы и более за 6 часов, 8 гигабаз и более за 48 часов |
| совместимые протоколы | PCR Barcoding Nested PCR Sequencing cDNA PCR Barcoding * |
| количество библиотек | 6 библиотек до 12 образцов в каждой |
* Полные протоколы доступны на сайте www.nanoporetech.com для зарегистрированных пользователей-участников Nanopore Community.
Набор PCR Barcoding Kit также может быть использован в сочетании с набором PCR cDNA Sequencing Kit (SQK-PCS109) для мультиплексного секвенирования кДНК.
Пробоподготовка заключается в опциональной фрагментации геномной ДНК с последующей достройкой концов, лигировании адаптеров к достроенным концам и ПЦР с праймерами, содержащими бар-коды. В состав набора входит 12 пар бар-кодированных праймеров. В конечном итоге образцы после ПЦР объединяются, и к смеси добавляются сиквенсные адаптеры.
Длины фрагментов, получаемых в ходе ПЦР, зависят от длины исходной матрицы и от процессивности ДНК-полимеразы. Максимальная длина рида составляет в среднем около 2 тыс п.н.
Пользователь также может использовать метод ПЦР с 2 парами праймеров (nested PCR), при этом одна пара праймеров - пользовательские праймеры к определённой последовательности ДНК, а вторая - бар-кодированные праймеры из набора. 5’-концы пользовательских праймеров должны быть комплементарны 3’-концам бар-кодированных праймеров.
Последовательности бар-кодов автоматически распознаются программой для интерпретации данных секвенирования, и риды группируются в соответствии с бар-кодами.
Ещё одно преимущество набора — если исходная ДНК загрязнена, то в ходе ПЦР существенно снижается концентрация примесей, которые могут ингибировать процесс получения библиотеки.
Если количество исходной ДНК менее 1 нг — рекомендуется предварительная полногеномная амплификация.
Дополнительные расходные материалы и реактивы:- магнитные частицы Agencourt AMPure XP (Beckman Coulter),
- набор для достройки концов ДНК NEBNext End repair / dA-tailing Module (New England Biolabs E7546),
- набор для лигирования ДНК NEB Blunt/TA Ligase Master Mix (New England Biolabs M0367),
- мастер-микс для ПЦР длинных фрагментов, например, LongAmp Taq 2X Master Mix (New England Biolabs M0287),
- 1,5 мл пробирки типа Эппендорф с низкой адгезивностью DNA LoBind (Eppendorf 0030108051),
- 0,2 мл тонкостенные пробирки для ПЦР (Axygen PCR-02-C),
- вода, не содержащая нуклеаз (Thermo Fisher Scientific R0581),
- свежеприготовленный 70% этанол,
- буфер 10 мМ Трис-HCl с 50 мМ NaCl.
Опционально:
- пробирки для фрагментации ДНК Covaris g-TUBE.
Дополнительное оборудование:
- настольная микроцентрифуга (например, Eppendorf #5452000018),
- вортекс (например, Biosan BS-010203-AAG),
- магнитный штатив (Диаэм 3336),
- ротационный перемешиватель (например, Elmi RM1L),
- амплификатор (например, Thermo FS A37834),
- набор автоматических пипеток переменного объёма — от 0,5 до 10 мкл (например, Eppendorf 3120000020), от 2 до 20 мкл (например, Eppendorf 3120000038), от 10 до 100 мкл (например, Eppendorf 3120000046), от 20 до 200 мкл (например, Eppendorf 3120000054) и от 100 до 1000 мкл (например, Eppendorf 3120000062),
- наконечники с фильтром к автоматическим пипеткам,
- термоконтейнер со льдом,
- таймер (например, TR118OS).
- флуориметр Qubit 4.0 (Thermo Q33227),
- система для фрагментного анализа (например, Qsep 100),
- наноспектрофотометр (например, NanoDrop 2000C).
Набор PCR Barcoding Kit также может быть использован в сочетании с набором PCR cDNA Sequencing Kit (SQK-PCS109) для мультиплексного секвенирования кДНК.
Пробоподготовка заключается в опциональной фрагментации геномной ДНК с последующей достройкой концов, лигировании адаптеров к достроенным концам и ПЦР с праймерами, содержащими бар-коды. В состав набора входит 12 пар бар-кодированных праймеров. В конечном итоге образцы после ПЦР объединяются, и к смеси добавляются сиквенсные адаптеры.
Длины фрагментов, получаемых в ходе ПЦР, зависят от длины исходной матрицы и от процессивности ДНК-полимеразы. Максимальная длина рида составляет в среднем около 2 тыс п.н.
Пользователь также может использовать метод ПЦР с 2 парами праймеров (nested PCR), при этом одна пара праймеров - пользовательские праймеры к определённой последовательности ДНК, а вторая - бар-кодированные праймеры из набора. 5’-концы пользовательских праймеров должны быть комплементарны 3’-концам бар-кодированных праймеров.
Последовательности бар-кодов автоматически распознаются программой для интерпретации данных секвенирования, и риды группируются в соответствии с бар-кодами.
Ещё одно преимущество набора — если исходная ДНК загрязнена, то в ходе ПЦР существенно снижается концентрация примесей, которые могут ингибировать процесс получения библиотеки.
Если количество исходной ДНК менее 1 нг — рекомендуется предварительная полногеномная амплификация.
Дополнительные расходные материалы и реактивы:- магнитные частицы Agencourt AMPure XP (Beckman Coulter),
- набор для достройки концов ДНК NEBNext End repair / dA-tailing Module (New England Biolabs E7546),
- набор для лигирования ДНК NEB Blunt/TA Ligase Master Mix (New England Biolabs M0367),
- мастер-микс для ПЦР длинных фрагментов, например, LongAmp Taq 2X Master Mix (New England Biolabs M0287),
- 1,5 мл пробирки типа Эппендорф с низкой адгезивностью DNA LoBind (Eppendorf 0030108051),
- 0,2 мл тонкостенные пробирки для ПЦР (Axygen PCR-02-C),
- вода, не содержащая нуклеаз (Thermo Fisher Scientific R0581),
- свежеприготовленный 70% этанол,
- буфер 10 мМ Трис-HCl с 50 мМ NaCl.
Опционально:
- пробирки для фрагментации ДНК Covaris g-TUBE.
Дополнительное оборудование:
- настольная микроцентрифуга (например, Eppendorf #5452000018),
- вортекс (например, Biosan BS-010203-AAG),
- магнитный штатив (Диаэм 3336),
- ротационный перемешиватель (например, Elmi RM1L),
- амплификатор (например, Thermo FS A37834),
- набор автоматических пипеток переменного объёма — от 0,5 до 10 мкл (например, Eppendorf 3120000020), от 2 до 20 мкл (например, Eppendorf 3120000038), от 10 до 100 мкл (например, Eppendorf 3120000046), от 20 до 200 мкл (например, Eppendorf 3120000054) и от 100 до 1000 мкл (например, Eppendorf 3120000062),
- наконечники с фильтром к автоматическим пипеткам,
- термоконтейнер со льдом,
- таймер (например, TR118OS).
- флуориметр Qubit 4.0 (Thermo Q33227),
- система для фрагментного анализа (например, Qsep 100),
- наноспектрофотометр (например, NanoDrop 2000C).