Набор предназначен для быстрого и простого получения сиквенсной библиотеки, включающей до 12 различных образцов ДНК, в тех случаях, когда количество ДНК ограничено. С помощью набора Rapid PCR Barcoding Kit можно:

• объединять несколько образцов ДНК в одну библиотеку,
• свести время пробоподготовки к минимуму,
• работать с небольшим исходным количеством ДНК,
• работать с загрязнённой ДНК.

Объединение нескольких образцов, или мультиплексирование, возможно благодаря бар-кодированию разных ДНК. Это удобно в тех случаях, когда требуемый выход данных при секвенировании одного образца намного меньше максимального выхода, получаемого с одной проточной ячейки. В состав набора входит 12 бар-кодов, таким образом, в одну библиотеку можно загрузить до 12 образцов ДНК. Это позволяет снизить стоимость секвенирования одного образца почти в 10 раз.

Особенности набора:

время пробоподготовки	от 15 минут + ПЦР
требуемое количество ДНК	1-5 нг геномной ДНК
необходимость ПЦР	Да
фрагментация ДНК	транспозазная
длина рида	около 2 килобаз
производительность	1-2 гигабазы за 6 часов, 4-8 гигабаз за 48 часов
совместимые протоколы	Rapid PCR Barcoding Sequencing*
количество библиотек	6

* Полные протоколы доступны на сайте www.nanoporetech.com для зарегистрированных пользователей-участников Nanopore Community.

Набор предназначен для исследований, требующих простой пробоподготовки и быстрого результата, но не максимальной производительности секвенирования.

Пробоподготовка заключается в расщеплении ДНК транспозазой и присоединении к фрагментам олигонуклеотидов, содержащих сайты связывания ПЦР-праймеров. Затем каждый образец ДНК амплифицируется с помощью баркодированных праймеров. Баркодированные ампликоны объединяются, и к ним присоединяются сиквенсные адаптеры.

Длина ампликонов в среднем составляет около 2 килобаз и не зависит от длины исходной ДНК. Это связано в большей степени с особенностями пробоподготовки, а не с процессивностью Taq-полимеразы.

Поэтому для пользователей, работающих с малым исходным количеством геномной ДНК и желающих получить риды максимальной длины, рекомендуется набор Ligation Sequencing Kit и протокол Low input genomic DNA with PCR.

Набор позволяет работать с ДНК, содержащей примеси, которые снижают эффективность получения библиотеки. Это происходит благодаря стадии ПЦР. Но необходимо учитывать, что амплификация разных фрагментов может идти с разной эффективностью.

Если исходное количество ДНК менее 1 пг, рекомендуется полногеномная амплификация.

Сортировка ридов в соответствии с баркодами производится с помощью программных инструментов, доступных в рамках платформы EPI2ME.

В состав Rapid PCR Barcoding Kit также входит набор Flow Cell Priming Kit для загрузки библиотеки в поточную ячейку.

Условия хранения: -20 °С.

Дополнительные расходные материалы и реактивы:

• магнитные частицы Agencourt AMPure XP (Beckman Coulter),
• 1,5 мл пробирки типа Эппендорф с низкой адгезивностью DNA LoBind (Eppendorf 0030108051),
• 0,2 мл тонкостенные пробирки для ПЦР (Thermo FS AB0620),
• вода, не содержащая нуклеаз (Thermo FS R0581),
• мастер-микс для ПЦР LongAmp Taq 2X (New England Biolabs M0287),
• свежеприготовленный 70% этанол,
• буферный раствор Tрис-HCl 10 мМ рН 8.0 с 50 мМ NaCl.

Дополнительное оборудование:

• настольная микроцентрифуга (например, Eppendorf 5452000018),
• вортекс (например, Biosan BS-010203-AAG),
• магнитный штатив (Диаэм 3336),
• ротационный перемешиватель (например, Elmi RM1L),
• амплификатор,
• набор автоматических пипеток переменного объёма — от 0,5 до 10 мкл (например, Eppendorf 3120000020), от 2 до 20 мкл (например, Eppendorf 3120000038), от 10 до 100 мкл (например, Eppendorf 3120000046), от 20 до 200 мкл (например, Eppendorf 3120000054) и от 100 до 1000 мкл (например, Eppendorf 3120000062),
• наконечники с фильтром к автоматическим пипеткам,
• таймер (например, TR118OS).

Опционально:

• флуориметр Qubit (Thermo FS Q33227) или аналогичный,
• система для фрагментного анализа (например, Qsep 100),
• наноспектрофотометр (например, NanoDrop 2000C).