Набор предназначен для быстрого и простого получения сиквенсной библиотеки, включающей до 12 различных образцов ДНК. С помощью набора Rapid Barcoding Kit можно:

• объединять несколько образцов ДНК в одну библиотеку,
• свести время пробоподготовки к минимуму,
• идентифицировать модификации нуклеотидов, так как пробоподготовка проходит без ПЦР,
• использовать минимум лабораторного оборудования.

Объединение нескольких образцов, или мультиплексирование, возможно благодаря бар-кодированию разных ДНК. Это удобно в тех случаях, когда требуемый выход данных при секвенировании одного образца намного меньше максимального выхода, получаемого с одной проточной ячейки. В состав набора входит 12 бар-кодов, таким образом, в одну библиотеку можно загрузить до 12 образцов ДНК. Это позволяет снизить стоимость секвенирования одного образца почти в 10 раз.

Особенности набора:

время пробоподготовки	от 10 минут
требуемое количество ДНК	400 нг высокомолекулярной геномной ДНК
необходимость ПЦР	нет
фрагментация ДНК	транспозазная
длина рида	случайная, зависит от длины исходных фрагментов
производительность	1-2 гигабазы за 6 часов, 4-8 гигабаз за 48 часов
совместимые протоколы	Rapid Barcoding Sequencing*
количество библиотек	6
совместимость с проточными ячейками	R9.4.1, R10

* Полные протоколы доступны на сайте www.nanoporetech.com для зарегистрированных пользователей-участников Nanopore Community.

Набор предназначен для исследований, требующих простой пробоподготовки и быстрого результата, но не максимальной производительности секвенирования. Так как количество стадий пипетирования и время подготовки минимальны, набор даёт возможность получения длинных ридов, но макcимальная длина зависит от качества исходной ДНК. Поэтому для лучшего результата рекомендуется использовать ДНК со средней длиной фрагментов не менее 30 гигабаз. Для выделения высокомолекулярной геномной ДНК можно использовать набор Blood & Cell Culture DNA Mini Kit (Qiagen).

Пробоподготовка заключается в расщеплении ДНК транспозазой и присоединении к фрагментам бар-кодов. Баркодированные фрагменты ДНК объединяются, и к ним присоединяются сиквенсные адаптеры.

Рекомендуемое исходное количество ДНК — не менее 400 нг. Возможно получение библиотеки из меньшего количества ДНК, а также из фрагментированной ДНК, но производительность будет ниже. Для получения библиотеки из меньших количеств ДНК рекомендуется набор PCR Sequencing Kit и протоколы Low Input и Rapid Low Input*.

Так как при получении библиотеки отсутствует стадия ПЦР, данный набор пригоден для выявления модифицированных нуклеотидов.

Сортировка ридов в соответствии с баркодами производится с помощью программных инструментов, доступных в рамках платформы EPI2ME.

В состав Rapid Barcoding Kit также входит набор Flow Cell Priming Kit для загрузки библиотеки в поточную ячейку.

Сиквенсные адаптеры RAP, входящие в набор, также могут быть приобретены в виде отдельного набора EXP-RAP001.

Условия хранения: -20 °С.

Дополнительные расходные материалы и реактивы:

• 1,5 мл пробирки типа Эппендорф с низкой адгезивностью DNA LoBind (Eppendorf 0030108051),
• 0,2 мл тонкостенные пробирки для ПЦР (Thermo FS AB0620),
• вода, не содержащая нуклеаз (Thermo FS R0581).

Опционально:

• магнитные частицы Agencourt AMPure XP (Beckman Coulter),с
• свежеприготовленный 70% этанол,
• буферный раствор Tрис-HCl 10 мМ рН 8.0 с 50 мМ NaCl.

Дополнительное оборудование:

• настольная микроцентрифуга (например, Eppendorf 5452000018),
• вортекс (например, Biosan BS-010203-AAG),
• амплификатор,
• набор автоматических пипеток переменного объёма — от 0,5 до 10 мкл (например, Eppendorf 3120000020), от 2 до 20 мкл (например, Eppendorf 3120000038), от 10 до 100 мкл (например, Eppendorf 3120000046), от 20 до 200 мкл (например, Eppendorf 3120000054) и от 100 до 1000 мкл (например, Eppendorf 3120000062),
• наконечники с фильтром к автоматическим пипеткам,
• таймер (например, TR118OS).

Опционально:

• флуориметр Qubit (Thermo FS Q33227) или аналогичный,
• система для фрагментного анализа (например, Qsep 100),
• наноспектрофотометр (например, NanoDrop 2000C),
• магнитный штатив (Диаэм 3336),
• ротационный перемешиватель (например, Elmi RM1L).