Настольный интегрированный инструмент для NGS, включающий в одном приборе блоки для подготовки образцов (образования кластеров), секвенирования и обработки данных и интерфейс для управления.

Принцип секвенирования основан на технологии Solexa, включающей обогащение методом bridge-ПЦР на проточном чипе, секвенирование методом синтеза (SBS) с использованием флуоресцентно-меченных нуклеотидов и детекцию света флуоресценции от кластеров ДНК.

Основные применения:

• ресеквенирование ампликоновых библиотек,
• проверка результатов клонирования и генной модификации,
• мультиплексное высокопроизводительное секвенирование малых геномов (например, микроорганизмов),
• таргетное высокопроизводительное секвенирование геномов для анализа генетически-ассоциированных болезней,
• поиск мутаций,
• HLA-типирование,
• секвенирование малых РНК,
• эпигенетические исследования, анализ профиля метилирования,
• целевое ресеквенирование и секвенирование de novo и т. д.

• Суммарная производительность, п.н. при длине чтения, п.н. за время запуска:
– от 540 до 610х10⁶ при 1x36 за 4 ч.,
– от 750 до 850х10⁶ при 2х25 за 5,5 ч.,
– от 3,0 до 3,4х10⁹ при 2х100 за 16,5 ч.,
– от 4,5 до 5,1х10⁹ при 2х150 за 24 ч,
– от 7,5 до 8,5х10⁹ при 2х250 за 39 ч,
– к концу 2013 года, после выхода обновления прибора, химии и ПО, ожидается увеличение до 15х10⁹ при 2х300 за 50 ч,
• максимальная длина чтения (одноконцевого / парноконцевого), нуклеотидов - 250/500,
• стандартные длины считываемых фрагментов ДНК при чтении с обоих концов: 2х25, 2х50, 2х75, 2х100, 2х150, 2х250,
• количество успешных прочтений за запуск:
– от 12 до 15х10⁶ для одноконцевых чтений в н. в., к концу 2013 г - от 22 до 2х 10⁶,
– от 24 до 30х10⁶ для парных прочтений в н. в., к концу 2013 г - от 44 до 50х10⁶,
• процент оснований в каждом прочтении, точность чтения для которых превышает 99,9 % (Q30) при длине чтения, п.н.:
– 90 % при 1 х 36,
– 90 % при 2 х 25,
– 85 % при 2 х 100,
– 80 % при 2 х 150,
– 70 % при 2 х 250,
– 70 % при ожидающейся к концу 2013 года длине чтения 2 х 300,
• возможности мультиплексирования за счет смешивания образцов в одной пробе - до 96 с помощью комбинации мультиплексных идентификаторов с каждого конца при парно-концевых чтениях (8х12),
• реагенты TruSeq реализуют метод обратимого терминального включения флуоресцентно-меченного основания, позволяют детектировать сигнал от отдельного нуклеотида, после чего терминатор удаляется,
• для приготовления shotgun-библиотек имеется специально разработанный набор реагентов Nextera для фрагментирования ДНК на основе фермента транспозазы,
• метод пробоподготовки и проведения клональной амплификации - с ипользованием эмульсионной ПЦР или без использования эмульсионной ПЦР (на выбор),
• необходимое количество ДНК образца для секвенирования - 50 нг (реагенты Nextera) / от 100 нг до 1 мкг (реагенты TruSeq) / от 1 нг геномной ДНК,
• количество различных ампликонов, анализируемых за один запуск прибора - до 36’000,
• обработка полученных данных осуществляется первоначально непосредственно ПО прибора и занимает от 2 ч (парно-концевые чтения 2 х 250) до 24 ч (метагеномный анализ по 16S РНК), после чего биоинформатическая обработка данных может осуществляться с помощью бесплатного защищенного облачного сервиса BaseSpace (порядка 8 ч), для которого требуется только доступ в Интернет.